Em 1º de agosto de 1920 o Paysandu inaugurava sua sede náutica, localizado no largo do Carmo nº1, Bairro da Cidade Velha, onde até hoje permanece.

Nessa data batizou-se a 1º embarcação do clube denominada "Paysandu", servindo de padrinho o menino Lauro, filho do então presidente do clube, Benjamin de Almeida Sodré. Atualmente a sede é composta de: área administrativa, tanque para treinamentos, oficina para manutenção de barcos, academia de ginástica, e cozinha.

Em Belém, o Paysandu é o único clube que possui tanque para treinamento de esporte náutico.