A Copa do Brasil é um dos principais torneios disputados no pais e que é conhecido por ser o caminho mais curto para a Libertadores das Américas, uma vez que, o campeão deste torneio conquista direto uma vaga para o maior campeonato das américas.

A primeira edição desta competição ocorreu em 1989. O primeiro gol de sua história foi marcado por Alcindo Sartori , na vitória por 2 a 0 do Flamengo sobre o Paysandu, em 1989, e o Grêmio foi o primeiro campeão da Copa do Brasil.

Desde 2013 a Copa do Brasil passou a ser disputada por 86 equipes, entre os meses de março e novembro. No novo formato, 80 clubes disputam um mata-mata até restarem 10 clubes, que se juntam nas oitavas de final aos 5 clubes que tiverem disputado a Copa Libertadores da América e ao melhor colocado do Campeonato Brasileiro de Futebol - Série A que não se classificou para a Copa Libertadores.

O Paysandu já participou 18 vezes da Copa do Brasil chegando até as oitavas de finais por três vezes, nos anos de 1991, 1993 e 2012.

No ano de 2012 o Papão iniciou a Copa vencendo o Espigão d’Oeste de Rondônia pelo placar de 3 a 1 e se classificando direto para a segunda fase da competição, onde pegou o Sport Recife e disputou dois jogos vencendo o primeiro jogo no Mangueirão pelo placar de 2 a 1, com gols marcados por Yago Pikachu e Adriano Magrão. No jogo de volta, na Ilha do Retiro, o Paysandu aplicou uma sonora goleada na casa do adversário pelo placar de 4 a 1 e se classificou para a as oitavas de finais onde foi eliminado pelo Coritiba que foi vice campeão desta edição.

No ano passado o Paysandu teve como seu primeiro adversário o Maranhão Atlético Clube, tendo como campanha um empate em 2 a 2 em São Luis e uma vitória em casa pelo placar de 2 a 1. Na fase seguinte o Papão enfrentou o Sport Recife e venceu o primeiro jogo por 2 a 1 e perdeu o jogo de volta pelo placar de 3 a 2, mas mesmo com a derrota o Bicolor garantiu a vaga para a terceira fase da competição.

Na terceira fase o Paysandu enfrentou o Coritiba  e perdeu o primeiro jogo, na Vila Capanema, pelo placar de 2 a 0 e no jogo de volta em Marabá, o Papão venceu de virada pelo placar de 2 a 1 com gols de Charles e Denis pelo Papão e Robinho descontando para o Coxa.

Em 2015 o Papão começa a sua campanha enfrentando o Águia Negra de Rio Brilhante/MS que garantiu a sua vaga sendo o vice campeão Sul Mato – Grossense. No jogo desta noite, 18, o Paysandu pode classificar direto para a próxima fase da competição, caso vença o seu adversário pelo placar de 2 a 0 ou com dois gols de diferença, desta forma o Papão elimina o jogo da volta, que está marcado para dia 01 de abril no estádio da Curuzu.