Se no futebol profissional, o momento é de reformulações, nas categorias de base do Paysandu as movimentações seguem a todo o vapor, principalmente nas categorias Sub-17 e Sub-20, que serão usadas para a disputa da Copa São Paulo de Futebol Júnior, entre os dias 3 e 25 de Janeiro de 2014, no estado de São Paulo. O Papão está na chave A da competição, juntamente com Figueirense-SC, Atlético Votuporanguense-SP e Ferroviária-SP. A equipe bicolor vai confiante para esta competição, já que conquistou na última semana o título paraense sub-17 de forma invicta.

No total, a equipe bicolor inscreveu 31 atletas para a disputa da Copa São Paulo, que reunirá várias equipes de futebol de base de todo o Brasl, e uma equipe convidada do Japão (Kashiwa Reysol). Alguns dos jogadores que a equipe alviceleste irá levar para São Paulo já foram usados no elenco principal, na disputa da última rodada da série B e obtiveram bons rendimentos, podendo futuramente, serem aproveitados para a disputa das outras competições pelo futebol profissional do Paysandu. A equipe bicolor terá o comando do técnico Nad e do auxiliar Aílton Costa. 

VEJA A LISTA DE RELACIONADOS PARA A COPA SÃO PAULO DE FUTEBOL JÚNIOR.

GOLEIROS: Marcos Vinícius, Paulo Eduardo, Paulo Ricardo e José Ricardo

ZAGUEIROS: Wendel Felippe, Elielton, Vinícius Mateus, Cesar e João Edgar

LATERAIS: Marcio José, Caio Ribeiro, Ramon, Rodrigo Moraes e Elson

VOLANTES: Herick Murilo, Ronison, Douglas, José Rodrigo e Washington Chileno

MEIAS: Araújo, Luiz Carlos, Jefferson e Marco Pinheiro

ATACANTES: Clodoaldo, Leandro, Lucas, Tiago Rosa, Carlos Neto, George Lucas, Matheus e Joni Douglas